按照2015年版本的ACMG(美国医学遗传学与基因组学学会)的解读规则,遗传性肿瘤基因突变位点的致病性判断需要结合不同的证据,蛋白功能预测软件的结果也作为其中一个支持证据。
国际公认的蛋白功能预测软件有Polyphen和SIFT,可对突变造成蛋白二级结构变化进行功能预测,包括蛋白的亲水、疏水性改变、酸碱性改变、极性改变等。但蛋白预测软件的预测仅是对蛋白生化功能的预测,而对蛋白的生理功能无法定性,因此只是参考值,并不是绝对值。
蛋白功能预测软件的结果是作为致病性判断的依据,医生需要结合位点的致病性判断、病人的家族史、疾病史去进行充分的遗传咨询。