进入市场17年，连花清瘟从未停止深入研究的步伐。广州呼吸疾病国家重点实验室等科研院所研究证实，连花清瘟对甲型H1N1、H3N2、H5N1、H7N9、H9N2，乙型流感病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、手足口病病毒EV71、鼻病毒、疱疹病毒、柯萨奇病毒、MERS等均具有抑制作用。
在甲型流感、乙型流感、禽流感到新冠等病毒性重大公共卫生事件中，连花清瘟获得了20余次国家层面治疗方案的推荐，先后被列入《流行性感冒诊断与治疗指南》《人感染甲型H1N1流感诊疗方案》《乙型流感中医药防治方案》《人感染H7N9禽流感诊疗方案》《流行性感冒诊疗方案（2019年版）》《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第四至七版）》等诊疗方案，成为我国应对病毒传染性公共卫生事件的代表性药物。
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